wise-installation

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 软件相关
  • 软件下载地址：http://www.ebi.ac.uk/~birney/wise2/wise2.4.1.tar.gz
  • 软件介绍：http://www.ebi.ac.uk/~birney/wise2/
  • 软件help页面：http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/genewise/help
 安装路径

安装路径：/share/home/pengyang.xu/software
bin目录：/share/home/pengyang.xu/software/wise2.4.1/src/bin

 安装指南
 安装glib2-devel依赖包（YUM或者源码编译安装,编译安装涉及相关头文件）
yum -y install glib2-devel
 下载并加压安装包
wget http://www.ebi.ac.uk/~birney/wise2/wise2.4.1.tar.gz  -P /tmp
tar zxvf /tmp/wise2.4.1.tar.gz -C /share/home/pengyang.xu/software/
 配置Maekefile
sed -i 's#CFLAGS = -c -O3  `glib-config --cflags`#CFLAGS = -c -O3  `glib-config --cflags` -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib64/glib-2.0/include#g' /share/home/pengyang.xu/software/wise2.4.1/src/makefile
find /share/home/pengyang.xu/software/wise2.4.1/src  -name "makefile" |xargs sed -i 's/glib-config/pkg-config --libs glib-2.0/g'
sed -i 's/getline/getline_new/g' /share/home/pengyang.xu/software/wise2.4.1/src/HMMer2/sqio.c
sed -i 's/isnumber/isdigit/g' /share/home/pengyang.xu/software/wise2.4.1/src/models/phasemodel.c
 安装
/share/home/pengyang.xu/software/wise2.4.1/src  && make all
 配置WISECONFIGDIR路径（请写入.bashrc或者.bash_profile）

export WISECONFIGDIR=/share/home/pengyang.xu/software/wise2.4.1/wisecfg
 验证安装是否成功
cd /share/home/pengyang.xu/software/wise2.4.1/src && make test

验证前请先配置环境变量（exportWISECONFIGDIR=/share/home/pengyang.xu/software/wise2.4.1/wisecfg）

 常见问题
 getline冲突


解决方案：
sed -i 's/getline/getline_new/g' /share/home/pengyang.xu/software/wise2.4.1/src/HMMer2/sqio.c

 安装过程中无法找到相关的头文件


解决方案：
sed -i 's#CFLAGS = -c -O3  `glib-config --cflags`#CFLAGS = -c -O3  `glib-config --cflags` -I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib64/glib-2.0/include#g' /share/home/pengyang.xu/software/wise2.4.1/src/makefile

 glib-config: command not found


解决方案：
find /share/home/pengyang.xu/software/wise2.4.1/src  -name "makefile" |xargs sed -i 's/glib-config/pkg-config --libs glib-2.0/g'

备注：该软件版本较老，使用的glib库是glib1的库，现在较新的系统都用的glib2的库，所以没有glib1，按照软件默认的makefile文件来编译就会报glib-config command not found这种错误。

 undefined reference to isnumber


解决方案：
sed -i 's/isnumber/isdigit/g' /share/home/pengyang.xu/software/wise2.4.1/src/models/phasemodel.c

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